Önmagában a miniszteri igazgatás nem sérti sem a hatalommegosztás elvét, sem a bírói függetlenséget. Mindaddig, amíg a miniszter igazgatási tevékenysége a szakmai működésre – vagyis az ítélkező tevékenységre – nem gyakorol közvetlen befolyást, alaptörvény-ellenesség nem állapítható meg – szögezi le az Alkotmánybíróság országgyűlési képviselők indítványát elutasító határozatában.
Az Országgyűlési képviselők negyede indítványozta, hogy az Alkotmánybíróság semmisítse meg a közigazgatási bíróságokról szóló törvényt. Az indítványozók egyrészt a kellő felkészülési idő, másrészt a hatalommegosztás, harmadrészt pedig az ítélkező bírák pártatlansága és befolyástól mentes döntéshozatala követelményének sérelmét állították.
Álláspontjuk szerint a bírói függetlenség elvét sérti, hogy a közigazgatási bíróvá válásnál az igazságügyi miniszter dönthet arról, hogy ki lehet bíró; a miniszter választja ki a bírói tisztségre jelentkezők közül a nyertes pályázót, nevez ki bírósági vezetőket, és dönt költségvetési kérdésekben.
Az indítvány benyújtását követően az Országgyűlés a közigazgatási bíróságok függetlenségét biztosító további garanciákról szóló törvénnyel megváltoztatta, illetve kiegészítette a közigazgatási bíróságokról szóló törvényt és az annak hatálybalépéséről szóló törvényt.
Az Alkotmánybíróság a módosított, kiegészített törvények vizsgálatánál abból indult ki, hogy a bírói függetlenség történeti alkotmányunk vívmánya, de az nem azonosítható az ítélkezési tevékenységnek keretet adó bírósági szervezet teljes igazgatási függetlenségével. A bírósági igazgatásra több modell létezik (miniszteri modell, a bíró tanácsok általi igazgatás, illetve a vegyes modell és ezek különböző alfajai). A hangsúly ezért azon van, hogy az igazgatás kizárólag a bíróságok szerkezeti működését (pl. mely településeken indokolt bíróságot működtetni, milyen létszámmal) érintse, és a szakmait, vagyis az ítélkezési tevékenységet, illetve ehhez kapcsolódóan a bíró és a bírósági szervezet függetlenségét érdemben ne befolyásolja. Történeti alkotmányunk vívmánya az az elvi megkülönböztetés, amely az ítélkező tevékenységet elválasztotta a bíróságokra, mint szervezetekre irányuló külső igazgatástól. Az igazgatás azonban kifejezetten végrehajtói jellegű tevékenység. A bíróságok igazgatása a végrehajtó hatalomra bízott közigazgatási feladat. Önmagában a miniszteri igazgatás nem sérti sem a hatalommegosztás elvét, sem a bírói függetlenséget. Mindaddig, amíg a miniszter igazgatási tevékenysége a szakmai működésre – vagyis az ítélkező tevékenységre – nem gyakorol közvetlen befolyást, alaptörvény-ellenesség nem állapítható meg.
Az Alkotmánybíróság az indítvány kifogásait részletesen vizsgálva megállapította, hogy a törvény a bírói szervek részvételével megvalósuló, az igazságügyi miniszter egyoldalú politikai meghatározottságát semlegesítő ellensúlyt biztosítja. Az Országos Közigazgatási Bírói Tanács (OKBT) Személyi Tanácsának a bíróvá válás folyamatában és egyes bírósági vezetők kinevezésénél, felmentésénél megfelelő jogosítványai vannak. A közigazgatási bíróságok igazgatásáért felelős miniszter költségvetési jogkörei közvetlenül az Alaptörvényen alapulnak, a bírói szervek és vezetők közreműködése az igazságszolgáltatás függetlenségének biztosítását elősegítő ellensúlyként elegendő. A bírók beosztása és áthelyezése, kirendelése, a címadományozás szabályai kellő garanciákat tartalmaznak az ítélkező tevékenység függetlensége elvének védelme érdekében.
A határozathoz Dienes-Oehm Egon, Hörcherné Marosi Ildikó és Juhász Imre alkotmánybírók párhuzamos indokolást, Balsai István, Pokol Béla és Stumpf István alkotmánybírók pedig különvéleményt csatoltak.
Az Országgyűlés előtt van az a törvényjavaslat, amely határozatlan időre elhalasztja az önálló közigazgatási bíróságok felállítását.