Kovács Béla ellen a Központi Nyomozó Főügyészség állam elleni és költségvetést károsító, továbbá közbizalom elleni bűncselekmény miatt vádat emelt a Budapest Környéki Törvényszéken. Az európai parlamenti képviselőt az Európai Unió intézményei elleni kémkedés bűntettével, valamint jelentős vagyoni hátrányt okozó, üzletszerűen elkövetett költségvetési csalás bűntettével és három rendbeli folytatólagosan elkövetett hamis magánokirat felhasználásának vétségével vádolja az ügyészség.
Az Alkotmányvédelmi Hivatal 2014 áprilisában tett feljelentést Európai Unió intézményei elleni kémkedés bűntette miatt. A feljelentés alapján indult nyomozásban a Legfőbb Ügyész 2014. május 12-én diplomáciai úton indítványozta, hogy az Európai Parlament függessze fel Kovács Béla mentelmi jogát.
A mentelmi jog felfüggesztésére közel másfél év elteltével, 2015. október 14. napján került sor. Ez után történhetett meg a megalapozott gyanú közlése, amelynek lényege szerint a képviselő a kémtevékenységet egy idegen állam érdekében, a titkosszolgálat részére folytatta.
Ezen nyomozás ideje alatt az Európai Csalás Elleni Hivatal (OLAF) ajánlása alapján fiktív gyakornoki foglalkoztatások miatt 2015. október 16. napján újabb eljárás indult. A nyomozás során beszerzett bizonyítékok alapján megalapozott gyanú közlésére került sor a fiktív, nem teljesített gyakornoki megállapodásokkal kedvezményezett személyekkel szemben.
Mivel a mentelmi jog felfüggesztése mindig konkrét bűncselekményre hatályos, a korábbi felfüggesztés az utóbb indult ügyre nem volt alkalmazható. Erre tekintettel a költségvetési csalás bűntette és több rendbeli hamis magánokirat felhasználásának vétsége miatt a képviselő mentelmi jogának felfüggesztésére a Legfőbb Ügyész 2016. szeptember 20-án újabb indítványt tett az Európai Parlament elnökénél. A mentelmi jog felfüggesztéséről nyolc hónap elteltével, a 2017. június 1. napján kelt határozattal született döntés. Ezt követően vált lehetővé – a büntetőeljárások célszerűségből történő egyesítése után – Kovács Bélával szemben a további bűncselekmények megalapozott gyanújának közlése.
A képviselő és társai cselekményükkel összesen 21.076 euró – 6.173.119.- Ft – vagyoni hátrányt okoztak az Európai Parlament költségvetésének.
Kovács Béla és három vádlott társa szabadlábon védekezik.
