Az alapvető jogok biztosa szerint a nemzetbiztonsági ellenőrzés új, 2013. augusztus 1-jén hatályba lépő szabályai sértik a magánszférát, a jogállamiság és a hatalommegosztás elvét. Erre tekintettel az ombudsman az Alkotmánybíróságtól kérte az új jogszabály egyes részeinek megsemmisítését.
Az Országgyűlés egyéni képviselői indítvány alapján döntött a nemzetbiztonsági ellenőrzés szabályainak átfogó módosításáról. A változás lényege, hogy augusztus 1-jét követően nem csupán a jogviszony létrejöttét megelőzően, hanem folyamatosan is helye van nemzetbiztonsági vizsgálatnak, amelynek során évente kétszer 30 napig titkosszolgálati eszközök is alkalmazhatók.
Szabó Máté hivatalból eljárva azt állapította meg, hogy – bár a nemzetbiztonsági kockázatok feltárása érdekében sor kerülhet alapjogok korlátozására – az érintett családi életére is kiterjedő, folyamatos, megalapozott gyanú nélkül is folytatható ellenőrzés a magánszféra aránytalan sérelmét jelenti. A konkrét ok és cél nélkül végezhető ellenőrző tevékenység szélsőségesen egyenlőtlen információs viszonyt alakít ki az egyébként is információs túlhatalommal rendelkező állam és a nemzetbiztonsági ellenőrzés alá vont személy között.
Az ombudsman kifogásolta azt is, hogy a nemzetbiztonságot felügyelő miniszternek minden szervnél vétójoga lesz a nemzetbiztonsági ellenőrzés alá eső jogviszonyok meghatározásában; ezáltal befolyásolhatja a független intézmények szervezetét, személyzeti politikáját és végső soron azok működését is.
Szabó Máté általánosságban is kifogásolta, hogy a nemzetbiztonsági ellenőrzésnek jelenleg nincs külső kontrollja, a feltárt kockázatokat, az ellenőrzés módszerét a bíróságok nem vizsgálhatják érdemben. A jog uralmának a nemzetbiztonsági szolgálatok működése kapcsán is érvényesülnie kell. Sérti tehát a jogállamiság elvét, hogy a törvény nem teszi lehetővé annak bírói ellenőrzését, hogy a nemzetbiztonsági ellenőrzés pártatlanul, és tisztességesen történik.