Az igazságügyi miniszterek megállapodása értelmében Máltán lesz a székhelye az unió első menekültügyi ügynökségének. Az új intézmény célja, hogy koordinálja és erősítse a tagállamok közötti menekültügyi együttműködést.
Az ügynökség székhelyére Ciprus és Bulgária pályázott még, Málta a 27 szavazatból 22-öt kapott a Times of Malta című napilap értesülései szerint. Ez lesz az első ügynökség Máltán, mely Magyarországgal egy időben, 2004-ben csatlakozott az Európai Unióhoz.
Az iroda elsősorban a menedékkérők növekvő száma által érintett dél-európai országokat segítené, mely elsősorban menekültügyi kérdésekben nyújt majd szakértői tanácsot a tagállamoknak. A hivatal nagy előrelépést jelenthet az EU-ban létező menedékjoggal kapcsolatos rendelkezések harmonizálásában is.
A menedékjog jelenlegi alkalmazása alapján nagy különbség van a nemzetközi védelem iránti kérelmek tagállamok általi kezelése terén. Egy iraki állampolgárnak például 71 százalék esélye van, hogy védelmet kapjon az egyik tagállamban, míg egy másikban ugyanez az esély csupán 2 százalék. A Bizottság által 2008 júniusában elfogadott menekültügyi cselekvési terv az uniós menekültügyi jogszabályok kiegészítését és nagyszabású módosítását irányozta elő, mely jelenleg folyamatban van.
A hivatal támogatást nyújt majd a tagállamoknak abban, hogy menekültügyi politikájukat koherensebbé és igazságosabbá tegyék, például a bevált gyakorlatok feltérképezéséhez nyújtott segítség, uniós szintű képzések szervezése és a származási országra vonatkozó megbízható információkhoz való hozzáférés javítása révén. Ugyancsak a hivatal feladata lesz a nemzeti szakértőkből álló támogató csoportok koordinálása – ezeket a csoportokat azon tagállamok kérésére küldik a helyszínre, amelyek a területükre tömegesen érkező menedékkérők problémájával találják szemben magukat. Emellett tudományos és technikai segítséget is nyújt a menekültügyi politika és jogszabályok fejlesztéséhez.
Az iroda döntéshozói jogkörrel nem rendelkezik majd, hiszen a menedékkérelmek elfogadásáról vagy elutasításáról továbbra is a nemzeti hatóságok hivatottak dönteni.
2008-ban több mint 67 000 ember kelt át a Földközi-tengeren, menedéket keresve az európai országokban. A menedékkérők fele Olaszországba és Máltába érkezett. Ennek következtében januárban Olaszország, Görögország, Málta és Ciprus felkérte a többi tagállamot, hogy segítsenek kezelni az illegális bevándorlók egyre növekvő hullámát. Az iroda valószínűleg jövőre kezdheti meg a működését.
