A szövetségi legfelsőbb bíróság szerint túllépte hatáskörét George Bush elnök azzal az alkotmánysértő rendelettel, amelynek értelmében a guantánamói foglyok felett különleges katonai bíróságok ítélkeznek.
A döntés nem jelenti azt, hogy a kubai támaszponton őrzött foglyok hamarabb szabadulhatnak. Öt szavazattal három ellenében minősítette alkotmányellenesnek a különleges katonai bizottságnak nevezett testületeket a legfelsőbb bíróság, amely kimondta, hogy az ilyen pereket sem az amerikai jog, sem a genfi egyezmény nem engedélyezi. A legfelsőbb bírák konkrétan egy 36 éves jemeni fogoly, Szalem Ahmed Hamdan ügyében hozták meg döntésüket. A 2001-ben Afganisztánban elfogott férfi ügyét kulcsfontosságúnak tekintették, mivel olyan vitatott kérdéseket érint, mint az, hogy meddig terjed az igazságaszolgáltatás hatásköre a terrorizmus elleni háborúban, vagy hogy korlátozhatja-e ezt a hatáskört a végrehajtó hatalom és a kongresszus.
A legfelsőbb bíróság kimondta, hogy a guantánamói foglyokra is vonatkozik a genfi konvenció – ezt a Bush-kormányzat eddig határozottan tagadta, és Hamdan perében a fővárosi szövetségi fellebviteli bíróság is azt állapította meg, hogy a genfi konvenció nem vonatkozik az al-Keida tagjaira.
Bush elnök 2001. november 13-án rendelte el, hogy az elfogott külföldi terroristák felett különleges katonai törvényszékek ítélkezzenek. A kormány azzal érvelt, hogy ezt lehetővé tesz az a kongresszusi határozat, amely bővítette az elnöki hatalmat a terrorizmus elleni harc érdekében. A legfelsőbb bírók csak a perek jogszerűségét vizsgálták, nem pedig a foglyokkal való bánásmódot, és döntésük nem sürgeti meg a guantánamói rabok szabadon bocsátását sem. Sőt, mint ahogy Tony Snow szóvivő rámutatott, ennek épp az ellenkezője állhat elő: a raboknak valószínűleg Guantánamón kell maradniuk addig, amíg a Fehér Ház kitalálja, hogy mi legyen velük. Márpedig ehhez a kongresszus beleegyezése is szükséges, ami hosszadalmas csatározásokat vetít elő. Elméletben a legfelsőbb bírósági döntés lehetőséget ad a Fehér Háznak arra is, hogy semmit ne tegyen.
Bár a bírósági döntés súlyos politikai vereséget mért az elnökre, a republikánusok, élükön az elnöki álmokat is dédelgető Bill Frist szenátorral, bejelentették, hogy egy olyan törvény dolgoznak ki, amely felhatalmazná az elnököt arra, amiben a legfelsőbb bírósági döntés egyelőre megakadályozza, azaz, hogy egy alternatív katonai bíróság elé állítsa a foglyokat.
Bush első nyilatkozatában közölte: tiszteletben tartja a döntést, és a kongresszussal együttműködve keresi a megoldást. “Az amerikaiak is tudják, hogy a döntés után nem fogjuk szélnek ereszteni a foglyokat. Az amerikai nép biztonságát sosem fogom kockára tenni” – mondta az elnök, aki a terrorizmus elleni háború mellett most jogi csatározásokba is belekeveredett.
A legfelsőbb bíróság döntése annyiban történelmi is, hogy beleszólt az amerikai rendszer kényes hatalmi egyensúlyába a végrehajtó, a törvényhozó és a bírói ágak között, és közbelépett, hogy megfékezze a végrehajtó hatalmat a törvényhozás javára.