Az európai uniós csatlakozást követően Magyarország külkereskedelmének döntő része a belső piac részévé válik, a magyar exportnak csak mintegy 15 százaléka, az importnak kevesebb mint 30 százaléka tartozik majd a közös vámrendszer hatálya alá.
A Pénzügyminisztérium főosztályvezetője szerint a gazdálkodóknak nem okoz majd gondot az unió vámkódexének alkalmazása, hiszen a harmonizáltság Magyarországon már majdnem 100 százalékos. Beszteri Sára, a Pénzügyminisztérium főosztályvezetője úgy vélte, hogy a csatlakozást követően a vámrendszer szerepe – a gazdaságra gyakorolt hatását tekintve – háttérbe szorul. A csatlakozás után 5.500 termék vámtétele csökken, 1.600-é növekszik, a többi változatlan marad. Beszteri Sára szerint attól, hogy Magyarország az unió külső vámtételeit alkalmazza, a vámszintek jelentősen nem változnak. A magyar importra az EU külső vámjával számított átlagvámszint 1,53 százalék, az agrár termékekre pedig 2,0 százalék lesz. Az unióban a legnagyobb vámvédelmet a vegyi anyagok és a feldolgozott termékek élveznek, ezek átlag vámszintje 4,0-4,5 százalék. A Magyarország szempontjából jelentős nyersanyagok átlagos vámszintje nem éri majd el az 1,0 százalékot. Beszteri Sára megjegyezte, hogy a vámokat illetően ugyan a tagállamoknak nincs autonóm mozgástere, néhány szabályozási témát tagállami szinten hagyott az EU, így a vámbiztosítékok szintje például az adott ország pénzügyi fegyelméhez igazodik. Az uniós csatlakozást követően megváltozik az importáruk vámkezelése. Ha például egy harmadik országból származó import áru vámkezelését az északi-tengeri kikötőben végzik, a vám kiszabása után a termék közösségi áruvá válik, amit ezt követően továbbítanak a fogyasztás országába. A forgalmi adót ott kell megfizetni.
Az árut egy úgynevezett intrastat dokumentum kíséri a felhasználás helyére, így statisztikailag azonnal nyilvántartásba kerül. Ez a dokumentum egyben a bevallandó áfa statisztika kontroll adata is, hiszen az áfát ilyen esetben önbevallással fizeti be a gazdálkodó, nem pedig a vámteher részeként. A Magyarországra érkező importárukra eddig a vámhatóság a vámteher részeként szabta ki az importáfát, a fogyasztási és a jövedéki adót. A csatlakozás után így az is elképzelhető, hogy mivel Magyarország tranzitország, a tagállamok itt kezeltetik az importárukat. A tagállamközi forgalom vám- és vámeljárás-mentessé válik, és megvalósul az áruk valódi szabad áramlása, ám az ellenőrzés alapjának megteremtése érdekében a forgalmi típusú adóztatásra statisztikai nyilvántartást vezettek be. Az EU költségvetésének 30 százaléka származik a tagállamok áfa-alapú befizetéseiből, míg a vámbevétel csak 14 százalékot tesz ki. A statisztikai nyilvántartási rendszert egyebek közt éppen azért vezették be, hogy az unió ellenőrizhesse az áfa-alapú befizetéseket, követni tudja a tagállamok közötti áruforgalmat és a fogyasztás helyén történő adózást. Intrastat dokumentumot kell abban az esetben is kitölteniük a kereskedőknek, ha két tagállam között zajlik a tranzakció. Ezek az adatok egy brüsszeli adatbázisban futnak össze.
Ettől elválik az áfa-bevallás, de ebben az esetben is van összesítő jelentési kötelezettség, ami részben kedvezőbb helyzetet teremthet a gazdálkodók számára. A vámeljárásnál kivetett áfát ugyanis eddig azonnal be kellett fizetni és csak később lehetett visszaigényelni az APEH-től. Az önbevallásos rendszer esetében – ha a befizetendő adó és a visszaigényelhető összeg értéke megegyezik – nem kell befizetni az adót. Az intrastat dokumentumok Magyarországon a Központi Statisztikai Hivatalhoz (KSH) kerülnek. A KSH és az APEH megállapodása alapján kontrollálják az adatokat. A jövedéki termékek mozgásának eljárási szabálya gyakorlatilag megegyezik a vámeljárással: a vámeljárásnál a vámokmány kíséri az árut, a jövedéki termékek kereskedelmében pedig az úgynevezett termékkísérő-okmány. A csatlakozás után a tagállamok között adózottan, vagy adózatlanul lehet jövedéki árut eladni. Adózott értékesítés esetében ahhoz, hogy az eladó vissza tudja igényelni az adót, meg kell érkeztetni az árut, be kell fizetni a jövedéki adót, és ezeket jelenteni kell az eladónak. Az eladó majd ezen dokumentumok alapján tudja visszaigényelni az eladó országában megfizetett jövedéki adót. A folyamat lebonyolítására adóképviselői rendszert hoztak létre. Ha a gazdálkodók adózatlanul értékesítik a jövedéki árut, biztosítékot kell nyújtaniuk a szállítás idejére, amit a termék megérkezésekor lehet felszabadítani.
