A halmozottan hátrányos helyzetű, közöttük a tanulók egyre nagyobb hányadát jelentő cigány származású gyermekek többségét Jászapátiban „magatartászavarra” hivatkozva elkülönítik a többiektől. A településen az iskolák összevonása előtt is elkülönítve tanították a tanulók egy részét.
Szabó Máté ombudsman vizsgálati jelentésében írja, hogy az önkormányzat 2007-ben hivatalosan azért vonta össze két iskoláját, hogy a „magatartászavaros” gyermekek elkülöníthetőkké váljanak, és így a „tanulni vágyó” gyermekek számára jobb feltételeket biztosíthassanak. Háromszintű képzési szerkezetet hoztak létre, amelyben a gyerekeket „magatartásuk” alapján sorolták az „egyéni haladású”, az „esélyteremtő”, és az „általános” tagozat egyes osztályaiba, miközben a „magatartászavaros” tanulókat – más iskolaépületbe helyezve – a többiektől térben, fizikailag is elkülönítették.
Az intézmény pedagógiai programja és egyéb iratok elemzésével azonban kimutatható, hogy valójában az iskola „elcigányosodását” akarták megállítani az intézmény-összevonással, valamint a tehetséggondozás és a felzárkóztatás feladatainak háromszintű osztályrendszerben való ellátásával. A térbeli elkülönítéssel pedig az akarták elérni, hogy a „magatartászavarosnak” minősített tanulók a tanórák közötti szünetekben se találkozhassanak a többi gyermekkel. Az intézményfenntartó önkormányzat a sajátos osztályba soroláson és a telephelyek közötti speciális munkamegosztáson alapuló rendszer létrehozásával azt is meg akarta előzni, hogy a gyermekeik fejlődési lehetőségeit szem előtt tartó szülők a két intézményből a tanulókat a továbbiakban is elvigyék más települések iskoláiba.
Az intézmény gyakorlatában az esélyteremtő osztályok a tananyagot lassúbb tempóban sajátítják el, a súlyponti tantárgyakat – a magyart és a matematikát – az általános osztályokhoz képest kisebb, a készségtárgyakat nagyobb óraszámban tanulják. A tagozatok elvileg átjárhatóak, valójában azonban az esélyteremtőnek nevezett osztályokban tanulóknak legalább a fele nem kapott igazi esélyt arra, hogy „normál” osztályban, azonos tantárgyi struktúrát tanulva, azonos minőségű, színvonalú oktatáshoz jusson. Az átjárhatóság a gyakorlatban egyébként is a szegregáció lényegét nem érintő változást jelent: az átjárás iránya az esélyteremtő „cigányosztályból” az általános tagozatos „cigányosztály” felé mutat.
Az ombudsmani jelentés megállapította, hogy ez az osztályba sorolási rendszer céljában is és eredményében is visszás, jogellenes elkülönítésnek, közvetlen hátrányos megkülönböztetésnek minősül, sérti az azonos minőségű oktatáshoz való jogot. A biztos felhívta a figyelmet arra, hogy az állam szerveinek különösen fontos kötelessége hivatalból fellépni, hatékony intézkedéseket tenni azon gyermekek, tanulók jogainak és jogos érdekeinek a védelme érdekében, akiknek a családja a nekik okozott hátrányt nem ismeri fel.
Az alapvető jogok biztosa az egyenlő bánásmód követelményének hatékonyabb érvényesíthetősége érdekében jogalkotási javaslatokkal az oktatásért felelős miniszterhez fordult, illetve az iskola jogellenes működésével kapcsolatban a megyei kormányhivatal vizsgálatát kérte. A vizsgálat lezárása után szerzett tudomást az ombudsman arról, hogy a helyi önkormányzat és az egri főegyházmegye között folyamatban van az iskola fenntartói jogainak átadás-átvételi eljárása. Ezzel kapcsolatban Szabó Máté jelezte az érintetteknek, hogy a fenntartóváltás alapjogi vizsgálatát is tervezi.
