José Manuel Barroso, az Európai Bizottság elnöke aggodalmát fejezte ki a német alkotmánybíróság Lisszaboni Szerződésről szóló határozatával kapcsolatban, attól tartva, hogy az alááshatja az Európai Unió kompetenciáit és a közösségi jog elsődlegességét. Az alkotmánybírák 147 oldalas állásfoglalása Németországban is heves vitákat keltett.
A német alkotmánybíróság 2009. június 30-án ismertetett véleményében ugyan összeegyeztethetőnek találta a Lisszaboni Szerződést a német alaptörvénnyel, azt azonban előírta, hogy még a ratifikáció befejezése előtt nemzeti jogszabályban kell megerősíteni a német törvényhozás jogköreit.
A határozat kimondja például, hogy a német parlamenté kell hogy legyen a végső szó, amennyiben az EU a Lisszaboni Szerződésben foglaltakon túl is ki szeretné terjeszteni a hatáskörét. A bírák emellett kritikával illették az Európai Parlamentet is, amely ugyan szélesebb jogkörökkel rendelkezne a szerződés hatályba lépését követően, azonban véleményük szerint nem az állampolgárok, hanem a tagállamok érdekeit képviseli.
Mindemellett az alkotmánybírák úgy határoztak, hogy a közösségi jog értelmezésében a végső szó a német legfelsőbb bíróságot illeti, amely így felülbírálhatja az unió legmagasabb bírói testülete, az Európai Bíróság döntéseit. Azonban az európai közösségi jog egyik alapelve a közösségi jog elsődlegessége a nemzeti joggal szemben, ami az évek során előmozdította az európai integráció folyamatát. Ebből a célból az Európai Bíróság számos ítéletet hoz olyan területeken, amelyeken a tagállamok is hatáskörrel rendelkeznek a közös piac integritásának fenntartása érdekében, ami viszont meglehetősen tágan értelmezhető fogalom.
További kényes kérdés a szubszidiaritás elvének megvalósulása. Az elvet – amely szerint a döntéseket mindig a legalacsonyabb, az érintettekhez legközelebbi szinten kell meghozni, s csak akkor kell közösségi szinten dönteni, ha a kitűzött célt nem lehet nemzeti szinten megvalósítani – a német alkotmánybíróság maximálisan szeretné biztosítani.
Barroso, aki hivatalos véleményét csak a későbbiekben közli, hangsúlyozta, hogy a felmerült kérdéseket politikai vitára kell bocsátani. A Bizottság elnöke hozzátette: fontos tisztázni, hogy a szubszidiaritás elve hogyan egyeztethető össze az európai integráció további fejlődésével.
A határozat kihirdetését követően a kormányzó német Kereszténydemokrata Unió (CDU) testvérpártja, a Keresztényszocialista Unió (CSU) néhány politikusa szeretné elérni, hogy az unióban képviselt német álláspontot kötelező legyen a német parlamenttel elfogadtatni. Ez azonban többek részéről ellenállásba ütközik, hiszen magakadályozná, hogy Németország bizonyos rugalmassággal tárgyaljon a többi tagállammal, ami az ország befolyásának csökkenéséhez vezetne.
