Az Alkotmánybíróság (Ab) 2009. június 15-én elfogadott határozatában megállapította, hogy a felsőoktatásról szóló 2005. évi CXXXIX. törvény 54. § (2) bekezdésének második mondata alkotmányellenes, ezért azt megsemmisítette.
Az érintett rendelkezés a következő szöveggel marad hatályban: „A mesterképzésben, a szakirányú továbbképzésben és a doktori képzésben a felsőoktatási intézmény bírálja el és rangsorolja a felvételi kérelmeket.” Az Alkotmánybíróság ugyancsak megsemmisítette a törvény 103. § (1) bekezdésének h) pontját.
Az Ab a mester- és a doktori képzés állami támogatásával összefüggésben a határozat indokolásában megállapította, hogy törvény 103. § (1) bekezdés h) pontjában a miniszter nem egy normatív aktusra (jogszabály megalkotására) kapott felhatalmazást, hanem arra, hogy egyedi döntésekben határozza meg az államilag támogatott mester- és doktori képzésre, valamint szakirányú továbbképzésre felvehet hallgatói létszám intézmények közötti megoszlását. A törvény azonban nem határozza meg a pályázati követelményeket, és nem tartalmaz részletes leírást sem azzal összefüggésben, hogy a miniszternek mit kell mérlegelnie a pályázatok elbírálása során. Az Ab szerint a vizsgált rendelkezés – a biankó felhatalmazás miatt – alkotmánysértő. A testület rámutatott: ha a törvényhozó a mesterképzés, szakirányú továbbképzés, doktori képzés állami támogatását pályázati rendszer útján kívánja megvalósítani, akkor a szabályozás kialakítása során biztosítania kell a felsőoktatási intézmények autonómiáját, továbbá a hallgatók képesség szerinti hozzáférését a felsőoktatáshoz.
Az Ab – szoros tárgyi összefüggés miatt – megsemmisítette a törvény 54. § (2) bekezdésének második mondatát is, mert a vizsgált rendelkezés elválaszthatatlanul kapcsolódik az alkotmányellenessé nyilvánított szövegrészhez. Ez a szabály szintén a miniszternek azt a hatáskörét deklarálja, amely alapján jogosult megállapítani a mester- és doktori képzés hallgatói létszámkeretének intézmények közti megoszlását.
A határozathoz Bragyova András, Kovács Péter és Trócsányi László alkotmánybírák különvéleményt csatoltak, amelyben a felsőoktatási törvény további rendelkezéseinek alkotmányellenessé nyilvánítása mellett hoztak fel érveket.