Az EP és a Tanács küldöttsége kompromisszumra jutott a felszín alatti vizek védelméről szóló irányelvről, melyet az EP plenáris ülése is elfogadott.
A fontos természeti erőforrást jelentő felszín alatti vizekből jó minőségű, ivóvízként, illetve mezőgazdasági vagy ipari felhasználásra alkalmas víz nyerhető. Az ezek szennyezése elleni védelemmel uniós szinten jelenleg a 80/68/EGK felszín alatti vizekről szóló irányelv, valamint a vizekről szóló 2000/60/EK keretirányelv foglalkozik. Az előbbi azonban 2013-ban hatályát veszti, a felszín alatti vizek védelmével kapcsolatos legfontosabb követelményeket pedig a jövőben a vizekről szóló keretirányelvben határozza meg az EU.
Az EP egyik legfőbb célja az volt, hogy a felszín alatti vizek „állapotromlása elleni védelem” belekerüljön az irányelvbe.
A Parlament és a Tanács megállapodása szerint a nitráttartalomra vonatkozó minőségi szabványok elérését célzó intézkedéseket (nitrátirányelv – 91/676/EGK) az új felszín alatti vizekről szóló irányelvvel összekapcsolva a vizekről szóló keretirányelvhez kell igazítani.
Az EP-küldöttség nyomására a Tanács elfogadta, hogy az Európai Bizottság a felszín alatti vizekről szóló irányelvet hatévente felülvizsgálja.
Az EP-képviselők elképzeléseinek megfelelően erősödtek a tagállamoknak a veszélyes anyagok bevitelének megakadályozásával vagy korlátozásával kapcsolatos kötelezettségei. Így a szöveg szerint a tagállamok kötelesek minden ehhez szükséges intézkedést meghozni, és nem csupán „arra törekedni”, hogy meghozzák azokat.
A szöveg értelmében a felszín alatti vizek védelme miatt okozott mezőgazdasági bevételkieséseket a vidékfejlesztési rendelet (1698/2005/EK) keretein belül térítik meg.
Szigorúbb nemzeti intézkedések, vízvédelmi területek
Mivel néhány, a felszín alatti vizeket emberi fogyasztásra használó országban szigorúbb szabályozás van érvényben, az irányelvben kifejezetten megemlítik a tagállamok (egyébként az uniós alapszerződésekben is garantált) jogát arra, hogy bizonyos káros anyagokra – például a peszticidekre – vonatkozóan az irányelvhez képest szigorúbb értékeket állapítsanak meg.
A szövegben az is szerepel, hogy „a tagállamok a káros anyagok felszín alatti vizekbe való bevitelének megakadályozására vagy korlátozására vízvédelmi területeket hozhatnak létre”, melyek akár a tagállam egész területére is kiterjedhetnek.
