2005-ben az adóhivatal a tevékenységét meghatározó jogszabályok gyakori (év eleji, évközbeni) változásai közepette végezte. A kormányzat által az adóhivatallal szemben támasztott elvárások tovább nőttek. A hagyományos és új feladatok (mint pl. az adóhatósági adómegállapítás, internetes adatbázisok kialakítása, START-kártya kiadás stb) teljesítése a korábbi évekhez mérten több irányítási, munkaszervezési és fejlesztési kapacitást kötött le. Az APEH eleget tett kötelezettségeinek, bár esetenként nehezen teljesíthető követelményeket is támasztottak a hivatallal szemben.
Az év során 5,2 millió adóalanyt tartott nyilván a hivatal. A feldolgozott adatok alapján 2005-ben mintegy 97 ezren tartoztak az egyszerűsített vállalkozói adó (eva) hatálya alá, s december végével mindössze 101 adózó jelentkezett ki e körből. Ugyanakkor további 10,5 ezren választották 2006-ra az eva szerinti adózást. Közülük 9,5 ezer (fele-fele arányban vállalkozó, illetve vállalkozás) bejelentkezését már elfogadták az igazgatóságok, s még mintegy félezer fellebbezés elbírálása folyamatban van. A 2005. október elsejétől kiváltható START-kártyát az év végéig 10 863-an igényelték, s 9636 fiatalnak ezt ki is adta a hivatal.
Az APEH szervezetei 2005-ben 299 ezer ellenőrzést zártak le. Az ellenőrzések közel fele a bevallások utólagos vizsgálatára irányult és a revizori kapacitások 69 %-át kötötte le. Ezek között a törvényben előírtak szerint megtörtént a másfélezer, legnagyobb adóteljesítményű adózó kötelező vizsgálata, továbbá az előző évinél 40 %-kal több kiutalás előtti (80 %-ban áfával kapcsolatos) adóellenőrzést végeztek el az igazgatóságok az áfabevételek növelése érdekében meghozott intézkedések során.
Az összes ellenőrzés eredményeként jogerősen megállapított adókülönbözet nettó összege az év végén megközelítette a 186 milliárd Ft-ot, ami 26 %-kal több mint 2004-ben volt. A jogerős megállapításokhoz kapcsolódó szankciók összege pedig mintegy 128 milliárd Ft-ot ért el, amely 33 %-kal nagyobb, mint az előző évben.
A behajtási intézkedések között az év során összesen 593 milliárd Ft (korábban ill. újonnan végrehajtás alá vont) tartozásra bocsátottak ki inkasszót az igazgatóságok. Ezen belül 415 milliárd Ft adó- és járuléktartozás behajtására 2005-ben indult el a végrehajtási eljárás, amelyek száma 7 %-kal több volt mint az előző évben. A lefoglalt vagyon értéke meghaladta a 61 milliárd Ft-ot.
Az APEH az előző évinél mintegy 18 %-kal kevesebb (4,5 ezer) felszámolási eljárást kezdeményezett a fizetésképtelen cégek ellen, és a bíróságok által 2005-ben elrendelt 7,5 ezer felszámolási eljárásban összesen 96 milliárd Ft hitelezői igényt jelentett be. A felszámolási ügyekhez kapcsolódó intézkedések eredményeként a hivatal összesen 3,4 milliárd Ft-ot szedett be a hitelezői követelésekből, azaz a 2004. évi összegnek több mint két és félszeresét.
2005. december végéig az APEH behajtási intézkedései nyomán befolyt bevételek (207,7 milliárd forint), valamint a jogerőre emelkedett, kiutalás előtti ellenőrzéseivel visszatartott összegek (36,2 milliárd forint) együttesen mintegy 244 milliárd Ft-tal javították az államháztartás pozícióját (12 %-kal többel, mint előző évben). További 28 milliárd Ft nettó bevétel származott a szankciókból.
A 2006. évben bekövetkező törvényi változásokkal, illetve az év indításával kapcsolatos előkészületek során elkészültek a különböző szakmai (adóügyi, ellenőrzési, behajtási, ill. az informatikai fejlesztésekkel kapcsolatos) irányelvek és az éves képzési terv, amelyek szakterületenként összegzik a 2006-ban kiemelten kezelendő feladatokat és célokat.
Elkészült, és az APEH internetes honlapjáról december 30.-tól letölthető a minősített adózói adatbázisra vonatkozó tájékoztató és az adatbázisba történő felvételhez szükséges kérelem nyomtatványa, illetve kitöltőprogramja.